Arrêt pour maladie non professionnelle et longue maladie : l’indemnisation

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Congé maladie de courte ou de longue durée : la prise en charge financière

  • Perception d’indemnités journalières (IJ) sous conditions
  • Délai de carence de trois jours (salariés du privé) ou un jour (fonctionnaires)

Attention : depuis le 1er juillet 2020, la majoration de l’indemnité journalière au-delà du 30ème jour d’arrêt maladie, pour les assurés ayant au moins 3 enfants à charge, est supprimée.

Vous êtes en arrêt maladie, sans caractère professionnel. Votre congé peut être de courte durée, de quelques jours ou semaines, ou se prolonger en cas de longue maladie. En fonction de votre situation personnelle et professionnelle, les modalités de prise en charge et les compensations financières diffèrent.

Vous devez prévenir sous 24 heures votre employeur et faire une déclaration auprès de votre caisse d’assurance maladie dans les 48 heures qui suivent.

Le régime général de la Sécurité sociale

En compensation de la perte de salaire durant votre congé maladie, vous pouvez bénéficier d’indemnités journalières (IJ), versées par votre caisse primaire d’Assurance maladie. Les conditions pour en bénéficier sont strictes et dépendent de la durée de l’arrêt maladie.

Pour les arrêts maladie inférieurs ou égaux à 6 mois :

  • avoir travaillé au moins 150 heures au cours du trimestre qui précède l’arrêt,
  • ou avoir perçu un salaire au moins égal à 1 015 fois le montant du Smic horaire (soit 11 692,80 € bruts sur la base du Smic horaire au 1er mai 2023) au cours des 6 mois civils qui précèdent l’arrêt ;

Pour les arrêts maladie de plus de 6 mois (considérés comme des arrêts longue maladie) :

  • être affilié à la Sécurité sociale depuis au moins 12 mois,
  • avoir travaillé au moins 600 heures au cours de l’année qui précède l’arrêt,
  • ou avoir perçu un salaire au moins égal à 2 030 fois le Smic horaire (soit 23 385,60 € bruts sur la base du Smic horaire au 1er mai 2023), au cours de l’année qui précède l’arrêt,
  • et justifier d’au moins un an d’affiliation à la Sécurité sociale.

L’application de ce délai de carence a été suspendue à de nombreuses reprises pour les assurés qui présentaient des symptômes ou qui étaient testés positifs au Covid-19, ainsi que pour les voyageurs devant respecter une mesure de placement en isolement, lorsqu’ils ne pouvaient pas télétravailler. Ce régime dérogatoire n’existe plus depuis le 1er février 2023.

Le montant des indemnités journalières

En tant que salarié, vous pouvez percevoir des indemnités journalières (IJ) égales à 50 % de votre salaire moyen calculé sur les 3 mois précédant l’arrêt. Chaque salaire mensuel pris en compte est plafonné à 1,8 fois le Smic mensuel, soit 3 144,96 € bruts (sur la base du Smic au 1er mai 2023).

Le montant maximum des IJ est de 51,70 € bruts/jour à compter du 1er mai 2023 (50,58 € bruts/jour du 1er janvier au 30 avril 2023).

Depuis le 1er juillet 2020, la majoration des IJ à partir du 31ème jour d’arrêt pour les assurés ayant au moins trois enfants à charge est supprimée (loi de financement de la Sécurité sociale pour 2020 du 24/12/2019). Sont concernés par ce changement les arrêts de travail prescrits depuis le 1er juillet 2020 et les arrêts prescrits avant cette date, dont la durée n’a pas atteint 30 jours consécutifs.
Précédemment, les IJ majorées étaient  égales aux 2/3 (soit 66,66 %) de votre salaire moyen, plafonnées à 60,73 € bruts/jour en 2020.

Pour les salariés soumis au régime général de la Sécurité sociale, le versement d’indemnités journalières est plafonné à 360 jours par période de 3 ans consécutifs. Ce plafonnement s’applique quel que soit le nombre d’arrêts maladie au cours de la période considérée.

L’affection de longue durée (ALD)

Les salariés pris en charge dans le cadre d’une affection longue durée (ALD) bénéficient d’une durée plus longue de versement des d’indemnités journalières : des périodes de 3 à 6 mois renouvelables sur une durée de trois ans maximum. Les indemnités journalières versées pour une ALD ne sont pas soumises à l’impôt sur le revenu. Et les frais médicaux sont pris intégralement en charge par la Sécurité sociale.

Les ALD dites exonérantes (liste de 30 ALD) correspondent à des maladies graves (cancer, mucoviscidose, sclérose en plaques…) ou chroniques (diabète, insuffisance respiratoire, polyarthrite…) prises en charge à 100 % par le régime d’assurance maladie.

Au-delà de 3 ans, le salarié relève jusqu’à sa retraite du régime de la pension d’invalidité si sa capacité de travail est réduite des deux tiers. Le montant de son indemnité est de 30 % du salaire annuel moyen des dix meilleures années en cas d’incapacité partielle et de 50 % en cas d’incapacité totale.

Une indemnité complémentaire versée par l’employeur

Aux indemnités journalières versées par l’Assurance maladie, s’ajoute parfois un complément de rémunération de la part de l’entreprise à hauteur de 90 à 100 % du salaire brut de référence, incluant les indemnités journalières.

Une indemnité complémentaire légale, à hauteur de 90 % maximum, est versée par l’employeur sous conditions (notamment d’ancienneté), après un délai de carence de 7 jours.

Par ailleurs, un complément de rémunération peut être versé par l’employeur dans le cadre du régime de prévoyance de l’entreprise ou de la convention collective. Il est important de bien se renseigner sur le régime de prévoyance dont vous relevez car le montant du complément d’indemnité en sera impacté.

Le régime des fonctionnaires

Les fonctionnaires des trois fonctions publiques (d’État, territoriale et hospitalière) bénéficient d’un congé maladie ordinaire (CMO), en cas d’arrêt de travail pour maladie. Les trois premiers mois, ils bénéficient du maintien à 100 % de leur traitement indiciaire (primes et indemnités comprises). A partir du 91ème jour, ils perçoivent 50 % de leur traitement. Si le montant de ce demi-traitement est inférieur au montant des indemnités journalières versées par l’Assurance maladie, une indemnité différentielle est versée au fonctionnaire (pour assurer une indemnisation identique à celle d’un salarié du privé). La durée du congé maladie ordinaire est de un an maximum.

Comme pour les salariés de droit privé, la suspension dérogatoire du délai de carence en cas de Covid a été supprimée le 1er février 2023. 

En cas de longue maladie, les fonctionnaires (toutes catégories et administrations d’origine) bénéficient du congé de longue maladie (CLM). Ils sont indemnisés pendant 3 ans maximum, à hauteur de 100 % du traitement indiciaire pendant un an, puis de 50 % les deux années suivantes.

Pour certaines maladies (cancer, tuberculose, maladie mentale, poliomyélite ou déficit immunitaire grave et acquis), ce congé peut être prolongé, dès la fin de sa première année, en congé longue durée (CLD). Sa durée est de 5 ans maximum, avec une indemnisation à hauteur de 100 % du traitement indiciaire pendant 3 ans, puis 50 % pour les deux dernières années.

Passée cette durée et en cas d’incapacité de travail, les fonctionnaires sont mis en retraite (avec un minimum de 50 % du traitement hors primes), à condition d’avoir 15 ans de service effectif. Dans le cas contraire, c’est le régime général qui verse la pension d’invalidité.

Et la prévoyance individuelle ?

La prévoyance collective (au sein de l’entreprise ou de l’administration) est, en cas de longue maladie ou d’invalidité reconnue, une protection financière incontournable. Pour les salariés du secteur privé, la complémentaire santé collective est obligatoire depuis le 1er janvier 2016, avec une prise en charge de la moitié du coût par l’entreprise. Dans les autres cas, vous pouvez, à titre individuel, souscrire un contrat de prévoyance auprès d’un professionnel de votre choix.

La plupart des contrats garantissent le versement d’indemnités journalières et d’une rente d’invalidité. Le coût d’un contrat de prévoyance varie en fonction du montant et de la durée de l’indemnité versée.

Sachez que la grande majorité des contrats proposés par les mutuelles et les assureurs intègrent le volet « invalidité » comme une garantie complémentaire d’un contrat capital décès, d’autres limitent la durée du versement des indemnités journalières.

Dans tous les cas, il est important d’étudier attentivement les offres que l’on vous propose car les montants que vous percevrez auront un impact sur le niveau et la qualité de votre vie.

    277 commentaires sur “Arrêt pour maladie non professionnelle et longue maladie : l’indemnisation”
    1. Bonjour je suis en clm depuis le mois de 2020 J’ai eu une prothèse totale de la hanche .En 2006 et 2007 j’ai eu 2 interventions des genoux ,les rotules ,puis en 2009 j’ai eu le ménisque aussi .Je suis fonctionnaire territoriale. J’ai vu un expert qui m’as dit que je dois avoir un poste aménager, car j’ai encore des séquelles je n’arrive pas à me baisser. Je reçois aujourd’hui un mail de la region en me médisant que le comité médical a décider de reprendre mon poste.Je suis agent d’entretien dans un lycée, La MDPH a décider que mon taux d’incapacité est de 79 %.Je ne sais quoi faire ,en plus la MDPH a donner jusqu’en 2024 que mon taux d’incapacité J’ai 59 ans cette année. Je dois voir mon médecin traitant car la region n’as pas de médecine du travail Je ne suis pas en mesure de faire 8heures de travail par jour.Je souffre d’arthrose. Pouvez vous me donner la marche à suivre en plus je souffre de la tension artérielle et de la thyroïde…Quand je fais des efforts j’ai des douleurs je suis obligée de prendre des comprimés.
      merci

      1. Bonjour,

        Nous ne pouvons vous en dire plus car cela relève d’une analyse médicale de votre situation. C’est à votre médecin traitant de vous accompagner vers les solutions administratives les plus adéquates.

        Meilleures salutations
        L’Equipe de Lafinancepourtous.com

    2. bonjour , je suis en ald , jai été arrêté presque 2mois sur les 3derniers , j’ai repris le travail une semaine mais je suis de nouveau arrête toujours en rapport avec ald , comment vont être calculé kes indemnités journalières ? elles vont être calculé sur la seule semaine de travail effectuée ou prendrons t’il en compte les salaires de référence du premier arrêt de travail pour ald aussi ?

      1. Bonjour,

        Pour ce type de modalités techniques, il convient d’interroger votre caisse d’assurance-maladie.

        Meilleures salutations
        L’Equipe de Lafinancepourtous.com

    3. bonjour,
      Est il possible d’avoir des indemnités journalière lorsqu’on a pas d’employeur mais que notre médecin continue de nous faire des avis d’arrêt de travail ?

      1. Bonjour,

        Le versement d’indemnités journalières par l’assurance maladie dépend de votre situation lors de votre arrêt de travail. Pour connaître précisément vos droits, il est préférable de contacter directement la caisse d’assurance maladie dont vous dépendez.

        Meilleures salutations
        L’Equipe de Lafinancepourtous.com

    4. bonjour
      pouvez vous me renseigner sur ma situation.
      En fait, je suis en arrêt maladie depuis Septembre 2021( arthrodèse lombaires) .Donc j’ai toujours mes indemnités journalières de la sécu par contre ce mois ci j’ai reçu ma fiche de paye avec 0€ .Est ce après 6 mois j’ai plus droit à la prévoyance mutuelle (on a une prévoyance collective d’entreprise) ?.
      je suis reconnu depuis un mois comme travailleur handicapé.
      Merci de votre réponse.

      1. Bonjour,
        Il convient de vous adresser à l’assurance maladie pour connaître les conditions d’indemnisation suite à votre changement de statut. Vous pouvez aussi vous renseigner auprès de la Maison départementale des personnes handicapées (MDPH) de votre département (https://handicap.gouv.fr/les-aides-et-les-prestations/maison-departementale-du-handicap/article/maison-departementale-des-personnes-handicapees-mdph).
        Meilleures salutations
        L’Equipe de Lafinancepourtous.com

    5. Bonsoir je suis en maladie professionnelle reconnue pour une tendinopathie de l’épaule je dois subir une nouvelle opération en mai 2021 mon arrêt maladie professionnelle a commencé en juillet 2019 est ce qu’a partir de juillet 2021 ma maladie professionnelle ne sera plus reconnue ?

      1. Bonjour,

        Nous ne pouvons vous le dire. Cela relève de la réglementation de l’assurance-maladie. Il convient de les contacter directement pour en savoir plus sur ce point.

        Meilleures salutations
        L’Equipe de Lafinancepourtous.com

    6. Bonjour, je travail en tant qu’Agent Social territoriale depuis plus de 25 ans et j’ai 58 ans. En octobre 2020 j’ai fait un burn out et suis actuellement en mi-temps thérapeutique mais je suis au bout du rouleau et ne peut plus assumer mon travail. Puis je avoir droit à une longue maladie et qu’elle serait mon indemnisation ?
      Merci de votre compréhension.

      1. Bonjour,

        C’est à voir avec votre medecin traitant eu égard à votre situation. La décision sera alors validée ou non par l’assurance maladie.

        Meilleures salutations
        L’Equipe de Lafinancepourtous.com

    7. bonjour je voudrais savoir voilà j’ai la polyartrite et de arthroses avant colonne vertébrale mon médecin vien de faire la demande a 100% et j’aurais voulu savoir quand je suis en arrêt de maladie pour la polyartrite et que je suis a 100% est ce que je perd ou je suis payer a 100%

      1. Bonjour,

        Seule l’assurance maladie pourrait vous répondre sur ces deux points.

        Meilleures salutations
        L’Equipe de Lafinancepourtous.com

    8. Bonjour, suite à une chute j’ai été opéré en mars 2020 de mon genou et suis en arrêt maladie depuis un an car je boite toujours malgré plusieurs injections, et mon genou est gonflé de liquide. Ma question est : j’ai lu sur différents site que les indemnités de la SS étaient au maximum de 365 jours si j’ai tout compris ? hors malheureusement je ne peux pas passer en ALD car l’arthrose du genou n’en fait pas parti ?
      Merci d’avance, cordialement

      1. Bonjour,

        Sachez qu’en principe, pour les salariés soumis au régime général de la Sécurité sociale, le versement d’indemnités journalières est plafonné à 360 jours par période de 3 ans consécutifs. Ce plafonnement s’applique quel que soit le nombre d’arrêts maladie au cours de la période considérée.

        Meilleures salutations
        L’Equipe de Lafinancepourtous.com

        1. bonjour je ne comprends pas votre réponse ça veut dire qu’au bout de 360 on ne perçoit plus d’indemnisation ? pouvez vous me donner un exemple. pour la part je suis en arrêt maladie depuis 10 mois suite à une opération. actuellement je souffre toujours. que va t il se passer dans deux mois si je ne vais pas mieux. je suis très inquiète

    9. Bonjour j’ai une question je suis en accident de Travail période trois ans après je suis en Cours de licenciement par médecine du travail Inapte le travail est-ce que j’ai droit pour congés payés en periode 3 ans Arrête maladie?

      1. Bonjour,

        Sur cette question juridique, nous vous conseillons de prendre contact avec l’inspection du travail de votre département.

        Meilleures salutations
        L’Equipe de Lafinancepourtous.com

      2. bonjour,
        en at les congés payés cours pendant vôtre arrêt car vous êtes considéré comme présent et non en arrêt maladie donc vous avez cumulé les jours en congés vôtre employeur vous les doit il vous seront payés lors des indemnités de licenciement

        1. Bonjour,
          Le salarié en arrêt de travail pour cause d’accident du travail, d’accident de trajet ou de maladie professionnelle continue à acquérir les droits aux congés payés, mais sur une période d’un an maximum (soit de 30 jours ouvrables au plus).
          Meilleures salutations
          L’équipe de Lafinancepourtous.com

    10. Bonsoir J’ai une petite question ou je ne vois la réponse nulle part peut être que quelqu’ un est au courant .

      comment est on indemnisé au delà des un an d’un arrêt maladie sachant que je suis salarié? qui va me payer et à quelle hauteur du salaire ? pendant combien de temps ?

      par avance merci

      1. Bonjour,

        A ce stade, vous devriez êrte indemnisée en affection de longue durée (ALD) . Pour plus d’information, il convient de contacter l’Assurance maladie et l’inspection du travail de votre département.

        Meilleures salutations
        L’Equipe de Lafinancepourtous.com

        1. Bonjour ,
          je suis en arret maladie depuis 1 mois.
          mon Medecin risque de me prolonger encore 2 mois .
          sauf que j’ai que 1 ans d’ancienneté dans mon emploi …
          j’aurais donc droit a 90% de mon salaire les 30 premiers jours puis 66 % les 30 jours suivants, si mon arret dur comment vais je etre remunerer ?
          .
          Maman solo de deux enfants je ne peux pas me permetre de me retrouver sans revenus …

          merci d’avance de votre retour …

          1. Bonjour,

            Pour connaître les conditions d’indemnisation de votre congé maladie applicables à votre situation personnelle, vous devez interroger votre caisse de Sécurité sociale.

            Meilleures salutations
            L’Equipe de Lafinancepourtous.com

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